cada semana se añade una temporada
1ª TEMPORADA
1ª TEMPORADA
La primera temporada de la serie tiene poco desarrollo, haciéndose las verdaderas revelaciones en los últimos episodios de la misma. El resto de los episodios son "de relleno" ya que en cada uno de ellos el grupo de amigos descubre un intento de ataque de XANA, luchan contra él, lo detienen y regresan en el tiempo.
Como complemento para evitar la monotonía de la saga, se incluyen relaciones entre los protagonistas y otros estudiantes y profesores de la escuela, con sus padres, familiares, etc. Durante todo esto, Jeremy trabaja en un programa para "materializar" a Aelita (transportarla desde el mundo virtual hasta el mundo real) y así poder apagar el superordenador para olvidarse de XANA. Al final de la temporada, Jeremy logra su objetivo pero XANA infecta a Aelita con un virus para que siga unida a Lyoko y no puedan así apagar el superordenador.
3ª TEMPORADA
En la tercera temporada, XANA logra poseer a Aelita y le ordena que borre todos los sectores, uno por uno, menos el sector 5, donde él habita. A pesar de que el grupo de amigos trata de impedirlo, XANA tiene éxito en su operación. Sin embargo, después de todo, Jeremy frustra los planes de la entidad maligna encontrando un método por el cual entrar en el sector cinco sin necesidad de hacerlo por medio de otro sector.
Considerando que XANA ahora es más poderoso que antes, el grupo decide reclutar a William Dunbar al equipo. Esto resulta ser un error desastroso ya que la Scyphozoa logra poseerlo y XANA consigue inutilizar el superordenador y, supuestamente, también destruye Lyoko. Dentro de la máquina vacía e inútil, William se transforma en una versión oscura de sí, controlado por la voluntad de XANA.
En esta temporada Aelita ya es libre, por lo que sin Lyoko puede permanecer viva de todos modos. Aunque Aelita ya sea libre, XANA por desgracia, también lo es, así que no apagan el superordenador para poder seguir luchando contra XANA. Y la destrucción del mundo virtual obstruiría las posibilidades de que pueda conocer a Franz Hopper, su padre, pero increíblemente Jeremy recibe un mensaje cifrado de él a través de Internet, que demuestra que no todo está perdido.
2ªTEMPORADA
La segunda temporada, en contraste con la primera, es más enfocada.
La animación es más realista y detallada y la personalidad de algunos personajes cambian. Al comienzo de esta porción de la serie, Aelita vive en la Tierra y llega a Kadic bajo el nombre de Aelita Stones, presentándose como una supuesta prima de Odd que procedía de Canadá (aunque en un principio Yumi dijo que se llamaba Aelita "Lyoko" y Odd dijo que era de Holanda).
En esta temporada aparece William Dunbar, un chico nuevo que llega a la escuela, que le gusta Yumi, cosa que provoca rivalidad a Ulrich.
Aelita comienza a tener visiones de una vida que ella supuestamente nunca vivió y descubren a una persona llamada Franz Hopper que podría tener conexión con Lyoko. Además, descubren un quinto sector (llamado Cartago) en Lyoko que es donde habita XANA y por el cual pueden llegar hasta sus datos y destruirle y una especie de segunda identidad que más tarde se revela como Franz Hopper atrapado en Lyoko, y es el creador del superordenador.
